Era Liga Indonesia
Baca Juga:
Pada musim pertama Liga Indonesia yang saat itu terbagi atas 2 wilayah, di mana PSMS berada Wilayah Barat, prestasi PSMS hanyalah di papan tengah klasemen. Pada musim kedua Liga Indonesia, PSMS kembali bergabung di Wilayah Barat, dan PSMS kembali hanya berada di papan tengah klasemen. Musim ke-2 ini adalah awal sejarah di mana PSSI mensubsidi dua pemain asing bagi setiap tim.
Pada musim ketiga Liga Indonesia, PSMS tergabung di Wilayah Tengah. Pada musim ini, PSMS hampir saja terdegradasi.
Era Liga Super Indonesia
Menjelang digelarnya Liga Super Indonesia pada 12 Juli 2008, tim ini masih dipayungi dengan polemik internal antar pengurus tim dengan pihak pengelola yang mencuatkan pengunduran diri PSMS Medan dari ajang LSI 2008 di mana akhirnya pada tanggal 10 Juli 2008 Badan Liga Indonesia memutuskan untuk tetap mengikutsertakan PSMS Medan dalam ajang Liga Super Indonesia meski harus menggunakan Stadion Gelora Bung Karno di Daerah Khusus Ibukota Jakarta pada paruh musim pertama setelah pihak pengelola setuju memberi kompensasi sebesar Rp 10 miliar sebagai dana renovasi infrastruktur Stadion Teladan, Kota Medan.
Perpecahan dua kubu
Mengawali musim baru 2011 kekacauan terjadi di PSSI yang turut mempengaruhi keikutsertaan PSMS di liga indonesia. Terpecahnya kompetisi di indonesia menjadi dua yaitu Liga Super Indonesia dan Liga Prima Indonesia membuat manajemen PSMS ikut membagi dua tim untuk mengikuti kedua kompetisi ini. PSSI yang mengusung Liga Prima Indonesia mengikutsertakan PSMS Medan sebagai salah satu peserta Liga Prima Indonesia karena dianggap sebagai tim yang memiliki sejarah kuat dalam sepak bola indonesia.
Sementara PT. Liga Indonesia memilih PSMS sebagai satu dari empat tim pengganti setelah Persiraja Banda Aceh, Persijap Jepara, Semen Padang FC, dan Persiba Bantul mengikuti Liga Prima Indonesia. PSMS ISL dipersiapkan untuk mengikuti Liga Super Indonesia sementara PSMS Medan dipersiapkan untuk mengikuti Liga Prima Indonesia. (***)
